CURSO DE DINÁMICA MOLECULAR

Ven y conoce el increible mundo de la biología estructural a través de la Dinámica molecular, Siempre es buen momento para hacer ciencia


IMPARTE: DIEGO GRANADOS UNAM

Conoce y aplica herramientas computacionales para simular la dinámica de proteínas, así como para extraer y analizar información de relevancia en su función y propiedades biofísicas.

Descripción del curso

Este curso quedará abierto a cualquier persona interesada en conocer las bases de datos y programas básicos en el análisis de la estructura y función de proteínas. Es indispensable contar con conocimientos básicos de estructura y función de proteínas, así como con interés en utilizar herramientas computacionales en el desarrollo de un proyecto de investigación. No es fundamental tener experiencia en programación, los conceptos necesarios al respecto serán impartidos en el curso.

    TEMARIO


    Introducción a las dinámicas moleculares de proteínas

    Unidad I: Conceptos fundamentales sobre proteínas y su visualización

    1.-Proteínas
  • Las proteínas como polímeros de aminoácidos
  • Importancia de las proteínas en el contexto celular
  • Las proteínas como polímeros de aminoácidos
  • Importancia de las proteínas en el contexto celular
  • Propiedades y clasificación de los aminoácidos
  • Niveles estructurales de las proteínas
  • Relación estructura-función en las proteínas

  • 2. Generalidades sobre los métodos de determinación estructural de proteínas

    Métodos de determinación estructural
  • Cristalografía de rayos X
  • Resonancia magnética nuclear
  • Cryo-electro microscopía.

  • La base de datos de proteínas (PDB)
  • Generalidades sobre la PDB
  • Búsqueda de proteínas dentro de la PDB
  • Estudiando la información en una entrada de la PDB

  • 3. Visualizadores Moleculares
  • Descripción general de un archivo PDB
  • Descripción de la importancia de visualizadores moleculares
  • Generalidades sobre programas de visualización molecular
    1. PyMOL
    2. VMD

    Unidad II: Dinámicas Moleculares: Conceptos y su puesta en práctica

    1. Relación entre la dinámica y la función de proteínas

    2. Conceptos sobre dinámicas moleculares

  • Descripción general de la metodología
  • Funciones empíricas (campos de fuerzas)
  • Algoritmos de integración
  • Condiciones periódicas
  • Controles de temperatura y presión

  • 3. Amber como paquete de dinámica molecular

    Generalidades sobre Amber

    Generación de la caja de simulación


  • Corrección de problemas de formato en la estructura inicial
  • Neutralización de la carga del sistema
  • Solvatación del sistema de simulación

  • Establecimiento de la rutina de simulación

  • Descripción de las fases de un algoritmo de simulación
  • Generación de archivos de entrada (inputs) para la simulación
  • Automatización de simulaciones con scripts en bash

  • Unidad III: Análisis y aplicaciones de las dinámicas moleculares

    1. Análisis de simulaciones cpptraj


  • a. Descripción de cpptraj como herramienta de análisis
  • b. Descripción de un archivo de entrada (input) de cpptraj
  • c. Cálculo de propiedades en la simulación en cpptraj
  • Desviación cuadrática media (RMSD)
  • Elaboración de gráfica de RMSD en el lenguaje de programación R
  • Fluctuación cuadrática media (RMSF)
  • Elaboración de gráfica de RMSF en el lenguaje de programación R
  • Agrupamiento de estructuras (clustering) basado en RMSD
  • Medición de observables adicionales
  • Obtención del ángulo de apertura y de torsión en un sistema proteico Generación de histogramas bidimensionales en R para visualización de la exploración conformacional en un sistema proteico

Herramientas de análisis adicionales


Bio3D
-Instalación de la librería Bio3D
-Elaboración de una gráfica de RMSD utilizando Bio3D
-Elaboración de una gráfica de RMSF utilizando Bio3D

Modalidad en línea

Se imparte a través de la siguiente plataforma: https://openlab.x10.mx/aulas
La plataforma incluye lo siguiente:

Video sesiones

Se incluyen en video en HD todas las sesiones que se pueden consultar en cualquier horario y un número ilimitado de veces

Material complementario en PDF

Lecturas y presentaciones y ejercicios se subirán a la plataforma según lo acordado con el profesor. Se tendrá acceso a una biblioteca digital libros del tema y otros 300 libros de texto de ciencia.

Exámenes en línea

Estas pruebas son parte de la autoevaluación continua. Se aplicará un examen final al término del curso para que el alumno pueda evaluar los conocimientos adquiridos en el curso
.

Sitios de interés y noticias

En general se dará retroalimentación continua de los temas y actividades si son requeridas por parte del alumno o profesor.

Un foro del aula virtual

En donde se pueden exponer preguntas de interés general o enfocadas a los temas vistos en las sesiones, así como reflexiones y compartir lecturas o sitios de interés.

Whatsapp

Atención a las dudas de los alumnos vía Whatsapp.

Inscripción

1. El primer paso para la inscripción a cualquier modalidad del curso es registrar sus datos en el siguiente formulario:

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También puedes pagar directamente en el banco o por transferencia electrónica.
Los datos de la cuenta son los siguientes:
Cuenta Banco Santander: 60-56840412-5
CLABE: 014180605684041259
A nombre de Jorge Angel Marcos Viquez

3. Envía tu comprobante de pago con: Nombre del curso,modalidad,nombre completo,sede y horario en el que vas a tomar el curso (si escogiste la modalidad presencial); al siguiente correo y recibirás de vuelta las instrucciones para comenzar! en el caso de la modalidad en línea recibiras también usuario y contraseña para que puedas acceder a la plataforma en línea.
informacion@open-lab.com.mx

4. ¡Listo! Has dado un nuevo paso en tu carrera científica.

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Copilco, CDMX

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