CURSO ONLINE DE BIOQUÍMICA COMPUTACIONAL

Conoce las bases de datos y programas en el análisis de la estructura de proteínas, la función de proteínas


Temario

Duración: 20 horas

Este curso quedará abierto a cualquier persona interesada en conocer las bases de datos y programas básicos en el análisis de la estructura y función de proteínas. Es indispensable contar con conocimientos básicos de estructura y función de proteínas, así como con interés en utilizar herramientas computacionales en el desarrollo de un proyecto de investigación. No es fundamental tener experiencia en programación, los conceptos necesarios al respecto serán impartidos en el curso.

    Temario
  • Bases de datos de proteínas y ligandos: PDB, E-PDB, ZINC.
  • Visualizadores moleculares (VMD, Chimera y Pymol).
  • Herramientas de modelado estructural a partir de secuencias de aminoácidos
    • I. Tasser
    • Robetta
  • Evaluación de potencial electrostático para proteínas: PDB2PQR, APBS
  • Docking Molecular.
    • Descripción del método y de sus aplicaciones.
    • Determinación del modo de interacción entre una proteína y sus ligandos mediante docking
      • Swissdock
      • UCSF chimera
      • Autodock VINA
  • Introducción a la dinámica de biomoléculas.
    • Dinámicas moleculares
      • Campos de fuerza y fundamentos conceptuales
      • Descripción metodológica de simulaciones utilizando la suite de modelado molecular Amber
      • Análisis de simulaciones mediante la biblioteca de amber cpptraj.
      • Análisis de simulaciones utilizando la biblioteca de R Bio-3D
    • Modelos de modos normales
      • Descripción del modelo y de sus aplicaciones
      • Cálculo de modos normales utilizando el servidor EL-Nemo.

Modalidad en línea

Se imparte a través de la siguiente plataforma: https://openlab.x10.mx/aulas
La plataforma incluye lo siguiente:

Video sesiones

Se incluyen en video en HD todas las sesiones que se pueden consultar en cualquier horario y un número ilimitado de veces

Material complementario en PDF

Lecturas y presentaciones y ejercicios se subirán a la plataforma según lo acordado con el profesor.

Exámenes en línea

Estas pruebas son fundamentales y son parte de la autoevaluación continua. Se aplicarán diversos exámenes simulacro.
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Sitios de interés y noticias

En general se dará retroalimentación continua de los temas y actividades si son requeridas por parte del alumno o profesor.

Un foro del aula virtual

En donde se pueden exponer preguntas de interés general o enfocadas a los temas vistos en las sesiones, así como reflexiones y compartir lecturas o sitios de interés.

Un grupo de Whatsapp

Que en general sirve para comentarios cortos y dudas puntuales con profesores y entre alumnos.

Inscripción

1. El primer paso para la inscripción a cualquier modalidad del curso es registrar sus datos en el siguiente formulario:

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También puedes pagar directamente en el banco o por transferencia electrónica.
Los datos de la cuenta son los siguientes:
Cuenta Banco Santander: 60-56840412-5
CLABE: 014180605684041259
A nombre de Jorge Angel Marcos Viquez

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